内部审计机构是集团内部监督体系的重要组成部分，其合理设置和职能的有效发挥对于企业集团治理结构的优化有着不可忽视的影响。企业集团内部审计模式的设计包括设置内部审计网络框架、确定内部审计的范围及内容、配备和管理内部审计人员等方面。
企业集团的不同组织结构
中国企业集团与其核心企业关系大体上有两种类型：
一是企业集团与核心企业之间存在一定的依附关系，在组织结构上表现为“一套班子、两块牌子”，集团决策机构与核心企业决策机构合一；
二是企业集团与其核心企业之间表现为各自相对独立的关系，组织结构上实行“两套班子、两块牌子”，集团决策机构与核心企业决策机构分设。
“一套班子、两块牌子”的组织结构具体构成如下：核心企业的有关职能处室就是集团本部的职能部门，核心企业的厂长（或总经理）就是集团的董事长，集团本部仅根据自身业务的需要设置少量的、与集团业务有关的协调部门。一汽集团、二汽集团、仪征化纤集团等都采用了此种类型的组织模式。
“两套班子、两块牌子”的组织结构也称为总部集权型。集团与其核心企业各设有一套独立的管理机构，分别从事整个集团和核心企业各自的经营管理活动，并各自拥有自己的牌子。烟台北极星钟表集团正是采用这种组织结构。
下文就分别以这两种组织形式为基础展开讨论。
内部审计框架的设置
（一）“两套班子、两块牌子”的企业集团考虑到集权制组织结构的特点，以及建立现代企业制度的原则，应该建立如下的企业集团内部审计网络框架。
第一层次：集团总部设置内部审计总协调机构。
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